Começou a governar em 1481 e terminou em 1495. Ainda muito jovem, foi incumbido pelo pai Dom Afonso V da regência do reino, enquanto este se ocupava das conquistas no Norte de África. Em 1471, Dom João II participou na expedição a Arzila, onde ganhou fama de valente. Quando Dom João II subiu ao trono, em 1481, queixava-se de que o seu pai apenas o deixara rei das estradas de Portugal. Queria ele dizer, de uma forma exagerada, que praticamente todo o país estava nas mãos da nobreza. A política de Dom João II foi muito diferente da de seu pai. Tudo fez para tornar mais forte e incontestada a sua autoridade de rei. À Casa de Bragança, acusada de traição na pessoa do duque Dom Fernando, que foi sentenciado à morte, foram-lhe confiscados todos os bens. Mas as acusações e mortes não pararam por aqui. Foram muitos os que não escaparam à pesada mão da «justiça joanina». Mas a grande prioridade do seu reinado foram as descobertas marítimas. Aos descobrimentos efetuados sob a orientação de Dom João II, entre 1474 e 1495, é costume chamar «Descobrimentos joaninos». Foi uma época muito diferente da anterior, porque as viagens passaram a obedecer a um plano preestabelecido e tinham um objetivo último - a Índia. Dom João II elaborou um projeto de expansão tão bem estruturado, tão complexo, tão ambicioso, que ainda hoje nos deixa mudos de espanto. Os seus planos abrangiam vários domínios e estendiam-se como tentáculos de um polvo gigantesco. No Norte de África, manteve e ampliou a presença portuguesa, acrescentando às terras herdadas de seu pai a praça de Azamor. Mas não se limitou ao domínio militar de uma zona que em princípio só dava honra e despesa. Procurou fazer negócio com os mouros e obter ali produtos utilizáveis no comércio com os povos da costa ocidental africana, para onde continuou a enviar Caravelas. A segurança nos caminhos do mar foi uma das suas grandes preocupações. Por isso mesmo apoiou a náutica astronômica. Queria que se encontrasse um sistema prático, eficaz, de orientar a navegação. E equipou os navios com artilharia, para que pudessem defender as rotas, os homens, as mercadorias. E, consciente de que a defesa era tão importante em terra como no mar, mandou construir um castelo em São Jorge da Mina e povoar as ilhas de S. Tomé e Príncipe, portos privilegiados para acolherem navios na torna-viagem. Sob sua orientação o comércio marítimo floresceu. Fundaram-se diversas feitorias, onde os portugueses recolhiam produtos variados, que descarregavam em Lisboa na Casa da Guiné e da Mina. O seu grande projeto era a Índia. Tinha informações sobre as dimensões do globo e decidira atingir a terra das especiarias contornando a África. Assim, ser-lhe-ia possível substituir os mouros e os italianos no comércio com o Oriente. Às expedições regulares que enviava aos centros do comércio no litoral africano somaram-se outras com a missão concreta e definida de procurar a passagem para o Índico. Primeiro, Diogo Cão. Depois, Bartolomeu Dias, que de uma forma algo inesperada fez a vontade ao rei. Dom João II, certo de que mais tarde ou mais cedo os navios portugueses chegariam ao Índico, enviou mensageiros por terra a fim de averiguarem tudo o que pudesse facilitar o arranque e o encontro final. Desta viagem, efetuada por Afonso de Paiva e Pêro da Covilhã, segunda tentativa no gênero, resultaram informações precisas sobre a navegação no Índico, sobre o comércio na Índia e sobre o tal reino cristão - o do Preste João - que se dizia existir e que existia mesmo na costa oriental de África. A morte veio surpreendê-lo demasiado cedo e não lhe deixou acabar quanto começara. Só no reinado seguinte, já sem dificuldades de maior, os portugueses atingiram a Índia. Puderam também continuar a navegar no Atlântico sem concorrência graças à força e ousadia com que Dom João II impôs condições na espantosa partilha do novo mundo que os países ibéricos se sentiram no direito de fazer, quando assinaram o Tratado de Tordesilhas.